1946 yılında Baltimore, Maryland’da doğan yönetmenin hayatı henüz 16 yaşındayken anneannesi Stella Whitaker’ın kendisine 8mm bir kamera almasıyla değişti.

Waters 18 yaşına geldiğinde ilk kısa filmi Hag in a Black Leather Jacket’ı çekti. Film siyah bir adamla beyaz bir kadının Ku Klux Klan örgütünün de yer aldığı bir törenle evlenmelerini konu alıyordu. Filmi “beatnik coffee house” adında Beltimore’da bir kafede gösterdi. Daha ilk filmiyle ilerleyen dönemlerde neler yapacağının sinyallerini veren yönetmen ertesi yıl çektiği Roman Candles filmiyle de bir rahibe ve papazın sevişme sahnelerine yer veriyordu. Ayrıca kült oyuncusu Divine ile de tanışması bu dönemlere rastlamaktaydı.

Waters aynı zamanda New York Üniversitesinde eğitimine devam ediyordu. Bu dönemde izlediği farklı filmler yönetmenlik kariyerinin şekillenmesinde rol oynadı. Özellikle üniversite yıllarında George Weiss’in Olga’s Hause of Shame filminden verdiği röportajlarda sıkça bahsetmekteydi. Aynı zamanda Russ Meyer, Rainer Werner Fassbinder, Harschell Gordon Lewis, Federico Fellini ve Ingmar Bergman etkilendiği yönetmenlerin başında geliyordu.

1966 yılında Waters ve arkadaşları üniversitede uyuşturucu bulundurmak suçundan okuldan atıldılar. Yine aynı dönemde orduya çağrılan Waters uyuşturucu bağımlısı bir eşcinsel olduğunu söyleyerek orduya katılmaktan kurtuldu.

1968 yılına geldiğimizde John Waters ilk 16mm’lik filmi olan Eat Your Makeup’ı çekti. Ardından kült oyuncusu Divine’ın rol aldığı ve adından söz ettirmeye başladığı Mondo Trasho filmi geldi. Waters’ın filmleri Divine’ın yıldızlaşmasında da önemli rol sahibi oldu. Waters’ın erken dönem filmlerinin hepsi Beltimore’da ve yerel aktörler eşliğinde çekildi. Bu isimler Mink Stole, Cookie Mueller, Edith Massey, David Lochary, Mary Vivian Pearce ve Susan Walsh gibi isimlerdi. Ayrıca filmlerin ilk gösterimini Beltimore Senator Theatre ve Charles Theatre’da gerçekleştirdi.

Waters’ın filmlerinde campy oyunculuklar hakimdi, ayrıca filmlerdeki karakterler ahlaksız ve toplum tarafından kabul görmemiş karakterlerden oluşuyordu. Pink Filamingos, Female Trouble ve Desperate Living filmleri “Trash Trilogy” olarak etiketlendirildi.

1981 yılına geldiğimizde Waters 35mm’lik ilk filmi olan Polyester ile mainstream işlere göz kırpmaya başladı. Hairspray, Cry-Baby, Serial Mom, Pecker, Cecil B.DeMented gibi filmleriyle de bunu devam ettirdi.

Hiç kuşkusuz John Waters’ın filmografisinin mihenk taşları 1970 ve 1972 yılında çektiği Multiple Maniacs ve Pink Flamingos filmleridir. Multiple Maniacs filminde Waters H.G. Lewis’in 2000 Maniacs filminde esinlendiği de aşikardır. Pink Filamingos’ta ise trangressive (saldırgan sanat; sanat formlarının işleyişini, ana kurallarını ve duyarlılığını bozmayı amaçlar)  kara komedi tarzındaki senaryoyu kendisi yazdı. Film yayınlandığı dönemde oldukça tepki çekti ve bu filmin bir efsaneye dönüşmesinde önemli rol oynadı. Waters’ın bu iki filmi kötü zevki tatmin amacıyla sinemada gerçek pisliği sergileme felsefesinin bütün yönleriyle yansıtmaktadır.