1946 yılında Baltimore, Maryland’da doğan yönetmenin hayatı henüz 16 yaşındayken anneannesi Stella Whitaker’ın kendisine 8mm bir kamera almasıyla değişti.

Waters 18 yaşına geldiğinde ilk kısa filmi Hag in a Black Leather Jacket’ı çekti. Film siyah bir adamla beyaz bir kadının Ku Klux Klan örgütünün de yer aldığı bir törenle evlenmelerini konu alıyordu. Filmi “beatnik coffee house” adında Beltimore’da bir kafede gösterdi. Daha ilk filmiyle ilerleyen dönemlerde neler yapacağının sinyallerini veren yönetmen ertesi yıl çektiği Roman Candles filmiyle de bir rahibe ve papazın sevişme sahnelerine yer veriyordu. Ayrıca kült oyuncusu Divine ile de tanışması bu dönemlere rastlamaktaydı.

Waters aynı zamanda New York Üniversitesinde eğitimine devam ediyordu. Bu dönemde izlediği farklı filmler yönetmenlik kariyerinin şekillenmesinde rol oynadı. Özellikle üniversite yıllarında George Weiss’in Olga’s Hause of Shame filminden verdiği röportajlarda sıkça bahsetmekteydi. Aynı zamanda Russ Meyer, Rainer Werner Fassbinder, Harschell Gordon Lewis, Federico Fellini ve Ingmar Bergman etkilendiği yönetmenlerin başında geliyordu.

1966 yılında Waters ve arkadaşları üniversitede uyuşturucu bulundurmak suçundan okuldan atıldılar. Yine aynı dönemde orduya çağrılan Waters uyuşturucu bağımlısı bir eşcinsel olduğunu söyleyerek orduya katılmaktan kurtuldu. (daha&helliip;)